In de jaren zestig kwam de offshore-industrie in de Nederlandse sector van de Noordzee op gang. Eind jaren zestig besloot oliemaatschappij Placid om als eerste helikoptervluchten te gaan uitvoeren vanaf de toen nieuw aangelegde gemeentelijke helihaven in Den Helder. Later zouden ook de Nederlandse Aardolie Maatschappij (NAM) en Elf Petroland dit voorbeeld volgen. Het werd op een gegeven moment zo druk, dat het gebrek aan ruimte zeer nijpend werd.

De gemeente Den Helder nam derhalve het besluit om naast marinevliegkamp De Kooy een stuk grond van Domeinen te pachten en hierop een nieuwe helihaven aan te leggen. Er kon medegebruik worden gemaakt van de start/landingsbaan, brandweer, verkeersleiding en meteo van marinevliegkamp de Kooy. De terminal kon in mei 1981 worden geopend. Verder werd met de betrokken oliemaatschappijen overeengekomen dat zij voor een periode van tien jaar garant zouden staan voor de exploitatiekosten. Omdat dit laatste voor hen in feite een branchevreemde activiteit was, stapten de maatschappijen er na deze periode weer uit. Hierop besloot de gemeente Den Helder samen met KLM Noordzee Helikopters een BV op te richten, die drie jaar later werd omgezet in een CV. Het KLM-belang is inmiddels overgenomen door CHC Helicopter.

Na de oprichting van de B.V. volgden de ontwikkelingen elkaar in snel tempo op. In 1991 werd de terminal aanzienlijk uitgebreid en liet het voormalige KLM ERA Helicopters een grote hangaar bouwen. Tegelijkertijd werd het Instrument Landing System (ILS) in gebruik genomen zodat het vliegverkeer ook onder slechte weersomstandigheden doorgang kon vinden.

In 1995 werd een modern kantoorpand gebouwd en in gebruik genomen. Hierin was onder andere het kantoor van Den Helder Airport gevestigd. Het jaar daarop verrees een nieuw kantoorgebouw van oliemaatschappij Elf Petroland en lieten Schreiner Airways en Skyline Aviation ieder een eigen hangaar neerzetten. 

Er werden een nieuwe taxibaan en enkele spots aangelegd en in 1998 werd een tweede hangaar voor Skyline opgeleverd en in gebruik genomen.

In 1999 heeft Den Helder Airport de hangaar van het toenmalige Schreiner overgenomen en is het parkeerterrein uitgebreid met 160 plaatsen waardoor de totale parkeercapaciteit voor passagiers werd verhoogd tot 430 plaatsen.

In juni 2000 is  een groot platform aangelegd met een vloeistofdichte vloer (6000 m²) en zijn de eerst aangelegde spots, in verband met aangescherpte milieueisen, voorzien van een vloeistofdichte vloer en een riolering met olie- en vetafscheider.

In juni 2003 werd de huidige terminal opgeleverd en in gebruik genomen.
De directie van Den Helder Airport verhuisde ook naar dit gebouw.

Tussen 2007 en 2013 is het bezoekersparkeerterrein gefaseerd uitgebreid van 427 naar 873 plaatsen en voorzien van bebording, zodat men na een periode offshore gemakkelijk de auto kan terugvinden. 

In juli 2010 is hangaar 5 van Den Helder Airport in gebruik genomen.
Op 1 januari 2013 werd de nieuwbouw grenzend aan deze hangaar opgeleverd. Bijzonder aan hangaar 5 is dat op het dak zonnepanelen zijn geplaatst, waardoor in de eigen energievoorziening behoefte kan worden voorzien. Deze duurzaam gebouwde hangaar is uitstekend geïsoleerd, verwarmd en voorzien een vloeistofdichte vloer.

Om de toegankelijkheid van het voorrijdcircuit en de bushalte te verbeteren voor Connexxion, is het terrein voor de terminal in 2013 opnieuw ingericht. In het midden van het plantsoen is een rijstrook aangelegd met aan de ene zijde taxistandplaatsen en aan de andere zijde de zogeheten Kiss & Ride plaatsen.

In 2014 is er een geheel nieuwe brandstofinstallatie door Air BP aangelegd.
De uitgevoerde werkzaamheden omvatten de installatie van twee ondergrondse opslagtanks met een capaciteit van 60.000 liter per stuk, de aanleg van nieuwe ondergrondse leidingen en de uitbreiding van het aantal tanklocaties van zes naar tien. Op 4 april 2014 is de nieuwe brandstofinstallatie officieel in gebruik genomen.

In januari 2015 is Ballast Nedam begonnen met het inmeten van het te vernieuwen platform en de aan te leggen track voor de tankwagen, waarna in februari de echte werkzaamheden konden beginnen. Het betrof een vervanging van de drie spots die als eerste werden aangelegd bij de vestiging van Den Helder Airport in 1981 op de huidige locatie. In plaats van weer drie vloeistofdichte asfalt oppervlakken met de nodige goten aan te leggen, is gekozen voor één grote vloeistofdichte, naadloze betonnen plaat met 1 goot. Beton is duurzamer, waardoor de komende jaren geen onderhoud, maar uitsluitend inspectie nodig is. Het nieuwe platform is 23 april 2015 officieel geopend door de luchthavendirecteur en de voormalig directeur die namens Den Helder Airport projectleider was.

In het voor jaar van 2019 zijn op het dak van de terminal 650 zonnepanelen geplaatst, die tezamen goed zijn voor een opbrengst van 998.07 kwh/kwp en zorgen voor 107.043 kg/jaar vermindering van de CO2-uitstoot.
Om te kunnen voldoen aan de verwachtingen van de hernieuwbare energiemarkt zal Den Helder Airport ook haar operaties moeten verduurzamen.
Ook de luchtvaart zoekt naar alternatieven om de CO2 uitstoot zo ver mogelijk terug te brengen. DHA ontwikkelt dit samen met haar Europese partners.